1964, St. Nicholas dans le Bronx. Un prêtre charismatique, le Père Flynn (Hoffman) tente de chambouler les rigoureuses coutumes de l’école, qui ont longtemps été gardées par sœur Aloysius Beauvier (Streep), la Principale au gant de fer qui croit dans le pouvoir de la crainte et de la discipline. Un vent de changement politique balaye la communauté, et en effet, l’école vient d’accepter son premier étudiant de couleur, Donald Miller. Mais lorsque sœur James (Adams), une innocente pleine d’espoir, partage ses soupçons de culpabilité au sujet du Père Flynn qui se montre trop attentionné envers Donald, Sœur Aloysius se lance dans une croisade personnelle visant à révéler la vérité et à expulser le Père Flynn de l’école. À présent, À présent, sans la moindre preuve si ce n’est son intime conviction, Sœur Aloysius se lance dans un bras de fer avec le Père Flynn qui menace de détruire la communauté, avec des conséquences irréversibles.