L’action se déroule en 1991. A la veille de son départ à la retraite, Nathan Muir (ROBERT REDFORD), vétéran de la CIA, apprend que Tom “Boy Scout” Bishop (BRAD PITT), qui fut jadis son protégé, est dans de très mauvais draps…
Aux écureuils on oublie ses mots, l'heure, ses clefs, sa langue maternelle, l'anniversaire de sa compagne. Aux écureuils on se souvient d'un premier baiser, des phases de la lune, des douze apôtres…