Une terrible menace pèse sur le monde après la rupture d'un pacte séculaire entre l'humanité et le royaume du fantastique. Un cruel despote, familier de ces deux univers, défie sa lignée en réveillant l'invincible armée des créatures de l'enfer. Hellboy repart donc à l'assaut avec ses fidèles complices du Bureau de Défense et Recherches Paranormales : sa petite amie pyrokinétique Liz, l'aquaphile Abe et le mystique protoplasmique Johann, avec lesquels il plongera dans les profondeurs du royaume invisible où les créatures fantastiques prennent corps. Hellboy devra choisir entre la vie qu'il connaît et une destinée inconnue et irrésistiblement attirante...