Douglas Freeman (Jake Gyllenhaal) est analyste à la CIA. Il remet sa fonction en question après avoir été témoin de la manière peu orthodoxe et très brutale dont est interrogé l’Américano-égyptien Anwar El-Ibrahimi, soupçonné d’activités terroristes. Anwar, dont la famille a émigré en Amérique quand il était petit, est ingénieur chimiste. Sa femme enceinte Isabella (Reese Witherspoon) va mettre tout en oeuvre pour retrouver son mari disparu.