Les deux frères atterrissent dans une autre dimension où ils doivent affronter le méchant professeur Dr Doofenshmirtz, aidés des sosies de leur sœur Candice et de leurs amis. Ils apprennent alors que leur animal favori Perry est en fait un agent secret qui se bat chaque jour contre le mal. Ceci va amener Phinéas à douter de l’amitié qui le lie à son animal de compagnie. Perry et ses jeunes acolytes partent ensemble pour une grande aventure dans une autre dimension, où chacun possède un sosie et où le Dr Doofenshmirtz est le dictateur de la ville. Assistés par Perry et leurs amis et avec l’aide de toutes leurs anciennes inventions, Phinéas et Ferb vont affronter le Dr Doofenshmirtz. Phinéas, Ferb, Candice et leurs amis vont-ils réussir à vaincre le Dr Doofenshmirtz ? L’amitié entre Phinéas et Perry sera-t-elle assez forte pour survivre à cette épreuve ?