Le quartier de Shibuya, à Tokyo, est animé par la saison d'Halloween. Un mariage est organisé à Shibuya Hikarie, où la détective Miwako Sato de la police métropolitaine est vêtue d'une robe de mariée. Alors que Conan et les autres invités observent la scène, un assaillant fait soudainement irruption et le détective Wataru Takagi, qui tentait de protéger Sato, est blessé. Takagi survit et la situation est réglée, mais dans les yeux de Sato, l'image de la faucheuse qu'elle avait vue lorsque le détective Matsuda, l'homme dont elle était amoureuse, avait été tué dans une série d'attentats à la bombe il y a trois ans, se superpose à celle de Takagi. Au même moment, l'auteur des attentats s'échappe de prison. S'agit-il vraiment d'une coïncidence ? Rei Furuya (Toru Amuro), membre de la police de sécurité publique, traque l'homme qui a tué son camarade de classe, l'inspecteur Matsuda, mais une mystérieuse personne déguisée apparaît soudainement et lui pose une bombe à collier. Conan se rend dans l'abri souterrain où se cache Amuro pour désarmer la bombe à collier, et entend parler d'un incident survenu il y a trois ans, lorsque lui et ses camarades de classe de l'académie de police, aujourd'hui décédés, ont rencontré un poseur de bombe virtuel non identifié nommé "Plamya" à Shibuya. Alors que Conan et son équipe enquêtent, une ombre inquiétante commence à planer sur eux.