Cœurs Noirs suit un groupe des Forces Spéciales françaises déployé en Irak, à la veille de la bataille de Mossoul, en octobre 2016. Les membres de ce commando ont pour mission de retrouver et exfiltrer la fille et le petit-fils d’un important Emir français de Daech qu’ils ont capturé et qui ne coopérera avec eux qu’à cette condition.