La suite des aventures de nos adorables “monstres de poche” commence sur l’île Shamouti... Pris dans une tempête puissante, Ash Katchum l’entraîneur et ses amis Pokémon arrivent sur cette île où les habitants se préparent à choisir le héros de leur festival annuel. Intrigués par l’arrivée de ces étrangers sur leur île, ils offrent le rôle à Ash... qui accepte, amusé. Le festival en question met en scène une légende ancienne qui raconte que l’équilibre de la terre est maintenu par Moltres, Zapdos et Articuno, trois oiseaux Pokémon. Ces trois ancêtres Pokémon , aux pouvoirs immenses, gouvernent les éléments de feu, de glace et de tonnerre, chacun sur leur île respective l’île du feu, l’île de glace et l’île du tonnerre. Tous trois vivent depuis des siècles dans l’harmonie la plus parfaite.