Dix ans après La Menace fantôme… La République est plongée dans le chaos et la discorde. Un puissant mouvement séparatiste menace l’intégrité et la survie de la galaxie. Dans l’ombre, une force maléfique, soutenue par une alliance de méga-corporations, se prépare à lancer une terrible Guerre des Clones. La République vit sans doute ses derniers jours… Face à ce péril, le machiavélique Chancelier Suprême Palpatine autorise la création d’une Armée de la République destinée à assister les Jedi débordés – et à renforcer son propre pouvoir.

C'est l’occasion pour nos héros, Obi-Wan Kenobi, Padmé Amidala et Anakin Skywalker, de se retrouver, dix ans après le conflit qui opposa la Fédération et la planète natale de Padmé, Naboo. Dans l’intervalle, Anakin est devenu l’apprenti d’Obi-Wan, promu quant à lui Maître Jedi. Padmé, après avoir quitté le trône de Naboo, poursuit son généreux combat et mène une brillante carrière de sénatrice… trop brillante au gré de ses ennemis, qui n’hésitent pas à attenter à sa vie.

Anakin et Obi-Wan sont affectés à la protection de la jeune femme. Le Maître Jedi se rend aux confins de la galaxie dans l’espoir d’identifier les mystérieux comploteurs. Durant son enquête dans ces mondes étranges, il croisera un redoutable chasseur de primes et un ancien Maître Jedi devenu l’apôtre et le leader de la sécession.

Pendant ce temps, Anakin assure la garde rapprochée de Padmé, sur Naboo, puis sa propre planète, Tatooine, où l’attend une terrible découverte. Une idylle naît entre les deux jeunes gens, mais ceux-ci sont rapidement déchirés entre leur devoir, leur sens de l’honneur et des sentiments par trop humains, qu’interdit le sévère code des Jedi. La menace se précise, la Guerre longtemps redoutée éclate, confrontant Anakin, Padmé et Obi-Wan à des choix qui décideront de leur destin et de celui de la République…