Il y a 40 ans, un chasseur spécialisé dans la vente de Pokémon solitaires, essaya de capturer un Celebi. De Pokémon vert et ailé a le pouvoir de voyager à travers le temps. Pour échapper à son poursuivant, Celebi utilise ses dernières forces pour voyager jusqu’à nous avec Sammy, un jeune garçon qui tente de l’aider.

Dans le présent, Ash et Pikachu trouvent Sammy dans les bois. Sammy est déterminé à guérir Celebi et sera aidé dans cette tâche par Ash et Pikachu. Mais un ennemi bien plus dangereux que le chasseur traque également Celebi. Ash et ses amis pourront-ils être assez forts pour contrecarrer ce nouvel ennemi?