L'agent Scully est appelée pour déchiffrer une série de symboles mystérieux. Même si elle ne trouve aucune explication à l'origine de ces signes, Scully pense qu'ils proviennent d'un vaisseau spatial qui s'est écrasé en Afrique. Les agents Reyes et Doggett découvrent toutefois que les fameux symboles proviennent d'un deuxième vaisseau spatial. Scully est persuadée que les signes ont un lien avec son fils William. Son pressentiment sera confirmé lorsqu'une secte inconnue enlèvera William, soupçonné d'avoir un rapport avec le vaisseau spatial.