Les Spy Kids sont de retour. Carmen est enfermée dans un monde virtuel créé par un nouvel ennemi: le Faiseur de Jouets (Sylvester Stallone). C’est à son frère Juni d’entrer dans ce jeu virtuel et, niveau par niveau, réaliser de nouvelles performances. Ce n’est que comme cela qu’il pourra sauver sa soeur et le monde entier.