Depuis des temps immémoriaux, une lutte implacable oppose le Bien aux forces du Mal. À chaque nouvelle génération, le sort désigne comme arbitre de ces guerres une jeune orpheline qui apporte au camp de son choix sa pureté d'âme et ses inégalables talents de lutteuse. On l'appelle "Le Trésor", et chacun se la dispute âprement…
Elektra est une tueuse légendaire dont les exploits ont fait le tour du monde. Son habileté, sa rigueur, son endurance et sa détermination en ont fait la plus parfaite des machines à tuer. Mais, pour avoir erré durant des années à la frontière indécise du Bien et du Mal, Elektra s'est condamnée à la solitude. Insomniaque, angoissée, perpétuellement sur le qui-vive, elle se contente désormais d'aligner les "contrats". Et lorsque son vieux "sensei", Stick, la bannit pour s'être détournée de la Voie, la jeune femme décide que sa prochaine mission sera la dernière.
La tâche paraît, cette fois, d'une déroutante simplicité : liquider ses nouveaux voisins, Mark Miller et sa fille Abby, que poursuit la puissante et maléfique organisation “La Main”. Pourtant, au moment de décocher la flèche fatale, le bras d'Elektra tremble pour la première fois, et quelque chose la retient d'accomplir ce geste familier. Impulsivement, la belle tueuse décide de sauver ses proies des attaques des Ninjas de “La Main” et de leur jeune chef, Kirigi.
Une étroite complicité naît bientôt entre Elektra et la jeune Abby. Transformée, rachetée malgré elle, Elektra ira jusqu'au bout pour sauver la vie de cette mystérieuse adolescente qui lui ressemble tant… et qui deviendra peut-être un jour le Trésor.