Il y a des années, une bataille colossale faisait rage entre l’Equipe Zénith dirigée par le Capitaine Zoom (Tim Allen), et leur adversaire redouté Concussion. Finalement, Zoom était parvenu à détruire Concussion, mais seulement après que toute son équipe avait été tuée par les détonations supersoniques de Concussion. Ayant découvert que le Capitaine Zoom avait sacrifié tous ses moyens pour vaincre l’ennemi, le pouvoir militaire n’avait plus besoin de lui et il redevint simplement Jack Shepard. Maintenant, les cerveaux de l’ancien Programme Zénith, le Général Larraby (Rip Torn) et le Dr Grant (Chevy Chase), se voient obligés d’à nouveau collaborer ayant détecté des signes alarmants que le genre humain est une fois de plus menacé. Leur seul espoir est de réactiver le Programme Zénith. Marsha Holloway (Courteney Cox) spécialisée dans l’étude de pouvoirs surnaturels latents, trouve quatre jeunes (Spencer Breslin, Kate Mara, Ryan Newman et Michael Cassidy) qui ont l’étoffe de superhéros. Seulement, il faut que quelqu’un apprenne à ces jeunes gens peu disposés à accepter la mission comment ils doivent s’y prendre pour sauver le monde – et vite – et il n’y a qu’un homme capable de le faire: Jack Shepard.