Jean-Luc Picard et son fidèle équipage - le commandant Riker, récemment marié à la conseillère Deanna Troi, le chef mécanicien La Forge, le lieutenant de vaisseau Worf, l'androïde Data et le DR. Beverly Crush - font route vers la planète Romulus, avec mission de rétablir des liens diplomatiques entre la Fédération et son ennemi de toujours, le peuple Romulan. Parvenus à destination, les occupants de l'Enterprise découvrent que le nouvel homme fort de Romulus, Praeter Shinzon, a décimé une bonne partie du Sénat avec l'accord de son Vice-roi. Deuxième surprise : Shinzon n'est pas un Romulan, mais un humain, jadis réduit en esclavage, puis cloné à l'image de… Picard.

Confronté à cette situation inédite, le commandant de l'Enterprise devra mobiliser toutes ses ressources pour déjouer les plans de son double et empêcher l'opération de destruction massive don’t Shinzon menace la Terre…